Questão:
Quantas proteínas humanas têm uma estrutura 3D resolvida?
Gergana Vandova
2011-12-23 10:27:46 UTC
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Gostaria de saber quantas proteínas humanas têm uma estrutura 3D resolvida. Existe um banco de dados apenas com proteínas humanas? Eu olhei para o pdb, mas não consegui encontrar um filtro.

Acho que você terá muitos problemas com redundância, especialmente se quiser saber o número de proteínas exclusivas.
@GWW Acho que escrever um pequeno script pode se livrar da redundância.
Você pode ter mais sorte fazendo esta pergunta em [biostar] (http://biostar.stackexchange.com).
Observe que “resolvido” é muito subjetivo. Nem todas as estruturas são de alta qualidade, e algumas delas estão simplesmente incorretas devido a erros experimentais.
Esta é uma questão bastante sujeita por duas razões: O Protein Databank aceita RMN e estruturas cristalinas de proteínas que oferecem diferentes graus de resolução e precisão. Essas estruturas também são um tanto subjetivas porque a proteína pode adotar conformações diferentes dependendo de seu contexto biológico relevante. Em terceiro lugar, as extrações de solvente podem impor uma estrutura errônea.
muitas dessas proteínas têm apenas um ou dois domínios resolvidos como estruturas. proteínas animais são difíceis assim. é aí que essa questão se torna um pouco difícil.
Quatro respostas:
Michael Kuhn
2011-12-23 17:17:45 UTC
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6405 proteínas mapeadas para 5220 genes, de acordo com Ensembl.

No BioMart do Ensembl, você pode selecionar o PDB ID como referência externa. Exporte os resultados e conte as proteínas / genes exclusivos que têm um PDB ID.

Aleksandra Zalcman
2012-01-15 06:06:53 UTC
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PDB é um bom recurso para responder a essas perguntas, pois permitirá que você filtre os resultados por muitos parâmetros adicionais. Para contar e extrair estruturas 3D de proteínas humanas:

  1. Abra a guia de pesquisa Avançada do site do PDB.
  2. Selecione Biologia -> Organismo de origem no menu.
  3. Digite Homo sapiens (humano) .
  4. Você pode reduzir a redundância por marcando Remover sequências semelhantes em n% identity abaixo.
  5. Enviar consulta.

Para adicionar mais filtros, clique em Refinar consulta com Pesquisa avançada . Lá você pode extrair estruturas por data de deposição, qualidade (por exemplo, resolução ou fatores R para estruturas resolvidas por difração de raios-X), ligantes, classificação de enzimas, etc. (marcando Adicionar Critérios de Pesquisa )

A pesquisa de proteínas humanas com remoção de homólogos com 90% de corte de identidade obtém 7117 estruturas. O número de estruturas de proteína de raio-X de boa qualidade (resolução < 2.5A) é atualmente de 3964 (com o mesmo corte de identidade).

Você pode então baixar a lista obtida ou criar relatórios personalizados (menus abaixo).

Uma boa ferramenta (também usada pelo PDB) para gerar conjuntos de dados de proteínas não redundantes é o cd-hit.

GWW
2011-12-23 10:45:18 UTC
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Pelos seus comentários, não parece que você seja avesso a escrever alguns scripts personalizados, então uma opção seria aproveitar as vantagens do banco de dados NCBI Structure. Você pode filtrar por organismo e depois baixar os resultados como um arquivo de texto / XML. Se precisar de acesso aos dados brutos do PDB, você poderá baixar o arquivo PDB e examinar os da sua lista filtrada.

PDB annotator
2015-04-19 10:53:55 UTC
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O novo sistema de pesquisa do PDBe foi projetado para responder exatamente a essas perguntas http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/search/index?organism_synonyms:HUMAN&view=macromolecules

mostra que existem 6964 macromoléculas humanas únicas com dados de estrutura no PDB.

Claro, muitos serão fragmentos de proteínas em vez da molécula inteira.



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