Estou lendo os artigos da ENCODE Nature, e um dos artigos referidos é "Mapeamento global das interações proteína-DNA in vivo por digital" por Hesselberth et al [1] .
A pegada genômica é uma variante maciçamente paralela da triagem de hipersensibilidade DNAse I, que acho que tenho um bom controle, mas não entendi este parágrafo desde o início dos resultados (a parte problemática está em negrito Budap):
Para visualizar a ocupação de proteínas regulatórias em todo o genoma de Saccharomyces cerevisiae, acoplamos a digestão com DNase I de núcleos de levedura com DNA maciçamente paralelo sequenciamento para criar um mapa denso do genoma completo da acessibilidade do modelo de DNA em nível de nucleotídeo. Analisamos uma única condição ambiental bem estudada, células de levedura a tratadas com fator α do feromônio, que sincroniza células na fase G1 do ciclo celular. Nós isolamos núcleos de levedura e os tratamos com uma concentração de DNase I suficiente para liberar fragmentos de DNA curtos (<300 bp), mantendo a maior parte da amostra em espécies de alto peso molecular (Fig. 1 Suplementar). Esses pequenos fragmentos derivam de dois "acertos" de DNase I em estreita proximidade e, portanto, seu isolamento minimiza a contaminação por extremidades de fragmento único derivadas de cisalhamento aleatório. Porque cada extremidade dos fragmentos de 'acerto duplo' de DNase I liberados representa um no local de clivagem da DNase I in vivo, a sequência e, portanto, a localização genômica desses locais pode ser prontamente determinada por sequenciamento (métodos complementares).
Há uma referência a outro artigo de Sabo et al. [2] sobre os ensaios de DNase em escala de genoma usando microarrays naquele parágrafo que estou lendo, mas se alguém entender bem a biologia, eu realmente gostaria de uma resposta.
- Hesselberth JR, Chen X, Zhang Z, Sabo PJ, Sandstrom R, Reynolds AP, Thurman RE, Neph S, Kuehn MS, Noble WS, Fields S, Stamatoyannopoulos JA . 2009. Mapeamento global das interações proteína-DNA in vivo por pegada genômica digital. Nature Methods 6 (4): 283–289, doi: 10.1038 / nmeth.1313.
- Sabo PJ, Kuehn MS, Thurman R, Johnson BE, Johnson EM , Cao H, Yu M, Rosenzweig E, Goldy J, Haydock A, Weaver M, Shafer A, Lee K, Neri F, Humbert R, Singer MA, Richmond TA, Dorschner MO, McArthur M, Hawrylycz M, Green RD, Navas PA, Noble WS, Stamatoyannopoulos JA . 2006. Mapeamento em escala de genoma da sensibilidade da DNase I in vivo usando microarrays de DNA de mosaico. Nature Methods 3: 511-518, doi: 10.1038 / nmeth890.